PhotonのPun2を使用するためにはもともとシーン上に設置していたアバターをプレファブ化して後からロードする形にする必要があることを学びました．当然いままでシーン上にアバターがいる前提でスクリプトを書いていたので，その辺を修正する必要があります．
まずはJoystick Controllerによるアバター操作．PlayerScriptに次のようなコードを追加．
joystick = GameObject.Find(“Variable Joystick”).GetComponent<VariableJoystick>();
これでシーン上にあるVariable Joystickとプレイヤーの紐づけを行う事ができます．
さらに，photon でプレイヤーを操作するには，photonView.IsMineの判定も必要になる．詳細は以下のコードを参照．
42行目でphotonView.IsMineの判定を行っていることが分かる．これでphotonによるマルチプラットフォームの環境でも自身のアバターのみを動かすことができるらしい．
次にカメラ．どうやらカメラはPrefab化されているアバターの子要素として追加するらしい．私の場合はシーン上にあるCinemachineのカメラをシーン上から除外して，代わりにアバターの子要素として追加しました．
以下のような感じでシーン上に存在するChinemachineを削除．
そしてprefab化されているアバターにChinemachineを追加．
とりあえずこれでビルドしたら，photonを用いても今まで通りにプレイヤーも動かせて，カメラの操作もできるようになりました．意外とそこまでは複雑ではないなと油断しましたが，実際にスマートフォンとパソコンから同じシーンに入って，2つのアバターが存在するようになった瞬間にいくつか問題が見つかりました．そこの修正は次回またやろうと思います．